Cisárovná Mária Terézia vydala 7. novembra 1769 nariadenie o zriadení Lekárskej fakulty na Trnavskej univerzite. Ďalšie podrobnosti o fakulte s piatimi katedrami obsahoval intimát Miestodržiteľstva Ostrihomskej kapituly zo 14. decembra toho istého roku.
TRNAVA. Fakulta mala 5 katedier: fyziológie a farmakológie, patológie a interného lekárstva, anatómie, chirurgie a pôrodníctva, botaniky a chémie. Na čele fakulty stál dekan, ktorý mal právo udeliť v mene pápeža a kráľa a so súhlasom kancelára univerzity študentom, ktorí úspešne zložili skúšky, akademický stupeň: licenciát, bakalár, doktor. Štúdium bolo rozdelené do piatich rokov.
Keď fakultu 7. novembra 1770 otvorili, jej riaditeľom sa stal mestský lekár Trnavy Ján Gilga z Gilgenburgu (Sliezsko), absolvent lekárskej fakulty Viedenskej univerzity v roku 1754. Prvým dekanom bol Adam Ignác Prandt. S prednáškami sa začalo 29. novembra 1770 a do postavenia vlastnej budovy sa prednášalo na troch rôznych miestach.
Účelovú klasicistickú dvojposchodovú budovu, v ktorej sa nachádzalo aj chemické laboratórium, postavili podľa projektu S. A. Hillebrandta v rokoch 1770-1772.
Okrem výučby lekárov robila lekárska fakulta aj jednoročné kurzy pre ránhojičov a lekárnikov a niekoľkotýždňové kurzy pre pôrodné asistentky. Spočiatku nebol dostatok preparátov a ľudského pitevného materiálu a ani trnavská mestská nemocnica nevyhovovala pre klinickú prax poslucháčov. Mestská nemocnica začala vyhovovať až roku 1775. Nedostatok pitevného materiálu sa tiež vyriešil. Univerzita požiadala Bratislavskú a Nitriansku stolicu o odovzdávanie tiel popravených zločincov.
Pri katedre chirurgie a pôrodníctva bola zriadená samostatná knižnica s knihami z odboru chirurgie a príbuzných vied, odboru pôrodníctva, zubného a očného lekárstva. K lekárskej fakulte patrila aj botanická záhrada, o ktorú sa staral profesor botaniky a chémie Jakub Winterl.
Lekárska fakulta Trnavskej univerzity bola prvou svojho druhu v strednej Európe a vyšli z nej mnohí odborníci. Napríklad Jakub Reineggs bol v rokoch 1778-1781 osobným lekárom gruzínskeho kráľa Herakleita II., prof. chirurgie a očného lekárstva J.J. Plenck vydal roku 1777 dielo o očných chorobách De morbis oculorum, ktoré bolo preložené do nemčiny, holandčiny a čínštiny.
Trnavská univerzita sa stala v roku 1770 Novým študijným poriadkom (Norma Studiorum) štátnou kráľovskou univerzitou. S pridruženými inštitúciami mala okolo 1000 osôb. Výstavba a rekonštrukcie univerzitných budov mesto skrášlili a poskytli obyvateľom zamestnanie. Študenti, hlavne zámožnejší, boli vítaní u miestnych remeselníkov, obchodníkov, vinárov a krčmárov. Mesto si však až neskoro uvedomilo, čo získalo príchodom univerzity. Vzťahy medzi Trnavou a univerzitou často narúšali spory o súdnu právomoc nad študentmi. Bojovať o univerzitu Trnava začala, až keď sa v roku 1777 definitívne rozhodlo o jej presídlení do Budína. Čiastočná náhrada za univerzitu - kráľovská akadémia - tu dlho neostala a Trnava sa znovu stala ospalým vidieckym mestečkom.
