V roku 1539 boli Židia z mesta vyhnaní kráľom Ferdinandom I. Hoci tu v 18. storočí nebýval ani jeden, mesto napriek tomu pokračovalo v boji proti nim. Trnava protestovala dokonca aj proti tomu, aby si Budínski Židia postavili synagógu. Zákaz pobytu Židov v meste zmenil až Tolerančný patent Jozefa II. V tých dobách patrila Trnava pod rabinát v Cíferi. V roku 1831 kúpili Židia na Halinovej ulici pozemok a vo dvore postavili modlitebňu. V roku 1855 sa odlúčili od cíferskej a Trnava sa stala sídlom rabinátu. Po židovských kongresoch v Michalovciach a Budapešti sa v Trnave vytvorila náboženská obec status quo ante. V roku 1891 postavila obec synagógu podľa plánov viedenského architekta Jakuba Gartnera. V zadnej časti dvora bol bet ha-midraš (dom náuky), kóšer kuchyňa a byt rabína. Synagóga pritom predstavuje architektúru, v ktorej sa uplatnili orientálne prvky. V strede modlitebne sa otvára kupola pôvodne so sklenenou výplňou. Modlitebňu obkolesuje galéria pre ženy, ktorú podopierajú liatinové stĺpy.
V roku 1930 dosiahol počet Židov v Trnave 2 728 z celkového počtu 23 973 obyvateľov, avšak nástup fašizmu túto rozvíjajúcu sa židovskú komunitu postupne zničil. Trnavských Židov začali deportovať v marci roku 1942.
V súčasnosti sa v Trnave aj na šabat ťažko zostavuje minjan, čiže modlitebné minimum desiatich mužov vo veku nad trinásť rokov. Synagógu v roku 1944 zrekonštruovali pre potreby Galérie Jána Koniarka, ktorá tu organizuje výstavy rešpektujúce jej sakrálny charakter. Expozícia Múzea židovskej kultúry je inštalovaná na ženskej galérii a väčšina vystavených exponátov je majetkom Bratislavskej židovskej náboženskej obce. Rituálne predmety židovskej kultúry (Tóra, modlitebné knihy, koreničky, svietniky, chanukije a synagogálne textílie) sú vystavené v bývalom sakrálnom objekte, čo dopomáha v pamäti ľudí zanechať hlbší emotívny zážitok. Pred synagógou stojí pamätník židovským obetiam druhej svetovej vojny, ktorý projektoval architekt Artur Slatinský-Szalatnay.
Spracovala Ľuboslava Štofková